1914 wurde der systematische Einsatz von Bakterienkulturen beim Emmentalerkäse als erstem Käse eingeführt. Die Bakterien, die in diesem Käse durch Propionsäuregärung die Löcher verursachen, tragen zu Ehren des erwähnten von Freudenreich den Namen Propionibacterium freudenreichiï. Es handelt sich in diesem Fall nicht, wie in den meisten anderen Fällen, um Milchsäurebakterien, sondern um Propionsäurebakterien. Diese sind in den meisten anderen Käsen unerwünscht: Propionsäureblähung ist eine gefürchtete Fehlgärung.
Auf die Alpen gelangten die Käsekulturen erstmals 1928 und fassten dort zunächst nur langsam Fuss. Damals waren sie als Sirtenkulturen in Gebrauch. Das heisst, dass von der Sirte eines Käses ein Ansatz für den nächsten Käse verwendet wird. Die einmal vorhandenen, unkontrollierbaren Bakterien werden also immer weiter benützt. Dies führt zu einem für die jeweilige Alp typischen Geschmack. Sirtenkultur setzt allerdings einige Erfahrung im Sennen voraus. Heute wird zu Beginn des Alpsommers meist eine zugekaufte Kultur als Stammkultur eingesetzt.
In den späten 70er und den 80er Jahren des letzten Jahrhunderts wurde auf den Alpen mit der Verwendung von Rohmischkulturen begonnen, die in Labors aus Sirtenkulturen gezüchtet werden. Bei Mischkulturen schliesslich werden im Labor gezielt einzelne Bakterienstämme zusammengemischt.
           In den Mischkulturen werden beispielsweise die Bakterien Streptococcus spec. (Temperaturoptimum: 25–30 °C) und Lactobacillus helveticus (Optimum: 40–45 °C) eingesetzt. Die erstere Gattung erzeugt auch Joghurt, gemeinsam mit einer Verwandten der letzteren Art, Lactobacillus bulgaricus. So ist es nicht weiter verwunderlich, dass auch Joghurt als Kultur eingesetzt wird.
Die neueste Kultur ist der Alp-Dip, eine gefriergetrocknete Kultur, bei der im Gegensatz zu den anderen Kulturen das Vorbrüten entfällt. Der Herstellungsprozess wird erleichtert, die Bakterien werden noch stärker normiert, der Geschmack wird nochmals einen Schritt einheitlicher.
            Auf Alpen mit häufig wechselndem Alppersonal, wie sie in Graubünden üblich sind, verdrängten die Mischkulturen weitgehend die Sirtenkulturen, während die letzteren auf Familienalpen, etwa im Berner Oberland, noch vorherrschen. Je nachdem, wen man fragt, erhält man ganz unterschiedliche Aussagen dazu, welche Kultur denn nun besser sei. Die einen schwören auf Mischkulturen und weisen auf die grosse Gefahr der Sirtenkultur hin, dass sich Fehlgärungen immer weiter fortpflanzen. Andere haben gute Erfahrungen mit Sirtenkultur gemacht und sind deshalb überzeugt, dass sie die beste ist. Jedenfalls ist sie für die einzelne Alp am individuellsten.
Die Frage ist: grössere Sicherheit oder individuellerer Geschmack. Eine Frage, die sicher jede und jeder für sich beantworten muss, denn, wie Oscar Wilde sagte:

«Das Alltägliche gibt der Welt ihren Bestand, das Aussergewöhnliche ihren Wert.»

Die allgemeine Beliebtheit des Alpkäses gibt den Methoden ihrer Herstellung recht, egal ob es sich um Kuh- oder Geisskäse handelt und ob dieser mit Sirten- oder Mischkultur gemacht ist.